Кто мог знать, что битва с главой Акацки может обернуться почти полным уничтожением деревни Конохи? Несмотря на то, что Пейн был побеждён новым Героем Конохи, вернуть деревню в прежнее состояние за одно мгновение никто не мог. Но не смотря на это, погибших не было. Своей последней техникой Нагато обменял свою жизнь на жизни жителей Конохи. К сожалению, одного великого шиноби он вернуть к жизни так и не смог. Одного из тройки Великих Саннинов, мастера Джирайю. Приказом Цунаде и двух старейшин Конохи, ему были возданы все почести. По просьбе Наруто, Конан подняла тело своего учителя с морского дна и передала его Конохе. На прощание с ним пришли почти все жители деревни. Но нормального прощания так и не состоялось. Прямо во время прощальной речи пятой Хокаге мощная вспышка, эпицентром которой было тело мёртвого Саннина. Никто так и не успел ничего понять, но когда свет исчез, жители деревни увидели, что на площади не осталось ни одного шиноби. Только люди с развитой чакрой пропали, остальных вспышка не тронула. Но самое странное то, что этой вспышкой была затронута не только Коноха, но и все ниндзя, которые имели к ней хоть малейшее отношение. Где бы они не были. Все пропали.

Наконец-то, многолетняя война между двумя сильнейшими кланами закончена. Шиноби наконец-то заключили перемирие и решили образовать деревню. Практически сразу же к двум кланам присоединились другие, менее сильные, но не менее знаменитые. Первым Хокаге выбрали главу клана Сенджу – Хашираму, что практически сразу же породило расизм в деревне. Клан Учиха практически сразу же начали ущемлять. Но они этого не замечали. Лишь несколько человек из всего клана видели настоящее положение дел в деревне и в собственном клане. Они-то и были недовольны. Но открыто выступать не решались.
Обстановка всё накалялась. Даже обычные шиноби видели, что новая междоусобная война неизбежна. До открытых столкновений ещё не дошло, но люди Учиха уже начинали неповиноваться клану Сенджу. Именно в это время произошло событие начавшееся в далёком будущем и пришедшее в прошлое. Пространственно-временной коллапс поглотил всех шиноби Конохи и принёс их во времена основания их деревни. Предотвратит ли это новую жуткую войну кланов или ещё сильнее её разожжёт?